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Es wird geschätzt, dass 1989 etwa 91.000 Menschen hauptamtlich für das MfS arbeiteten. Da dieses sich als „Schild und Schwert der Partei“ verstand, waren seine Mitarbeiter fast ausnahmslos Mitglieder der SED. Innerhalb der Organisation des MfS waren die Leiter der Bezirksverwaltungen gleichzeitig Mitglieder der  SED-Bezirksleitungen. Die Handlungsanweisungen an das Ministerium stammten von der Führung der Partei, die später zu keinem Zeitpunkt die Verantwortung für dessen Taten übernahm, auch nicht nach ihrer Umbenennung in PDS.

Das MfS war zwar formal dem Ministerrat der DDR unterstellt, führte jedoch, wie fast jeder Geheimdienst, ein internes Eigenleben. Hinzu kamen weit mehr als 100.000 so genannte „Inoffizielle Mitarbeiter“ (IM), von denen viele als Spitzel und in der Bundesrepublik Deutschland und im Ausland als Saboteure, Zersetzer und Spione (offizieller Sprachgebrauch: Kundschafter des Friedens) agierten.

Die oben genannten Zahlen zeigen, dass bezogen auf die Gesamtzahl der OM und IM z.B. 200.000 und der Gesamtzahl der Bürger der Bundesrepublik (80 Millionen) jeder 400. für das MfS gearbeitet hat. Unter Ausschluss der Kinder und Alten (18-80 Jahre) müsste vermutlich jeder 200. bis 300. Bürger in Gesamtdeutschland für das MfS gearbeitet haben. Geht man vom Hauptschwerpunkt der Mitarbeiter in der DDR (16 Millionen Einwohner) aus, und davon, dass zwei Drittel (140.000) der Mitarbeiter dort tätig waren, war vermutlich etwa jeder 50. Mensch zwischen 18 und 80 Jahren für das MfS tätig (das sind 2% der Bevölkerung). Viele der IM waren hauptamtlich Polizisten, Staatsbedienstete und Armeeoffiziere, aber auch Privatpersonen, darunter Kollegen, Mitarbeiter, selbst Familienangehörige der vom MfS überwachten Bürger.

Zum Zeitpunkt des Zusammenbruches der DDR gab es in der Bundesrepublik Deutschland rund 1500 aktive MfS-Spione, vorwiegend in Westdeutschland, wie die veröffentlichte Auswertung der so genannten Rosenholz-Dateien im März 2004 ergab. Die Anzahl der IM, welche für die Hauptverwaltung Aufklärung in der DDR selbst tätig waren, wurde dabei mit 20.000 beziffert. Das MfS unterstützte in der Bundesrepublik ihm nützlich erscheinende politische Kräfte. So wurden unter dem Decknamen „Gruppe Ralf Forster“ in der DDR ausgewählte Kader der DKP im Nahkampf und Sprengstoffeinsatz ausgebildet.