El órgano barroco de la Iglesia de San Andrés de Valladolid fue construido por el maestro riojano Esteban de San Juan en 1784, y restaurado en 1996 por el Taller de Organería de Joaquín Lois. Tiene un teclado manual de 51 notas (C-d45, octava tendida), partido (C3/Cs3) y la siguiente disposición de los registros en la consola:
MANO IZQUIERDA MANO DERECHA
Oboe
Bajoncillo Clarín
Corneta
Lleno Lleno
22ª 22ª
19ª 19ª
15ª 15ª
Tapadillo Tapadillo
Octava Octava
Violón Violón
Más de cien conciertos y audiciones se han celebrado en este órgano, organizados por la Asociación Manuel Marín de Amigos del Órgano de Valladolid, dentro de sus «Ciclos de Audiciones en Órganos Históricos.»