Det finns ett gammalt talesätt i Japan; När tre personer möts uppstår två fraktioner. Den som kommit japanerna in på livet är ofta benägen att hålla med. De vill gärna inordna sig i grupperingar som bygger på motsatsförhållanden, samtidigt som de egentligen är överens om nästan allt. Den här tendensen kom i dagern under slutet av 1100-talet. Japan var redo för sitt första stora inbördeskrig.

Historikerna kallar det Genpei-kriget och det kommer sig av att de två mäktiga klanerna Taira (平) och Minamoto (源) mötte varandra och när de två tecknen sammanförs får de den sino-japanska läsningen Genpei. Sedan huvudstaden i slutet av 700-talet flyttades till Heiankyo, som nu heter Kyoto, hade kejsarens roll allt mer övergått till att vara avelshingst. Slutkörda av allt avelsarbete valde därför de flesta kejsarna att abdikera redan i övre 20 års åldern. Det gjorde genom att gå i kloster, men från denna position var det enklare att de facto utöva någon form av prosaisk makt. En annan konsekvens av allt avlandet var att det vimlade av kejserliga prinsar och prinsessor, rekordet anses ligga på 69. Men oavsett antalet blev det en påtaglig börda på de kejserliga finanserna.

Kejsarna började således tunna ned leden genom att förläna barnen fina titlar och en bit mark med beskedet att nu fick de klara sig för egen hand. Namnen Taira och Minamoto är just sådana titlar så att omgivningen skall förstå att det är folk med kejserlig börd. Dessa ”avfällingar” kom att bygga upp egna klaner med militär och politisk makt. Kejsaren själv höll sig närmast endast med en uppsättning palatsvakter, så när det uppstod uppror ute i provinserna bad han Taira respektive Minamoto om hjälp att slå ned dem. Taira kom att behärska västra Japan, medan Minamoto kontrollerade de östra delarna. Klanledaren Taira no Kiyomori kom den vägen att bli utnämnd till premiärminister och landet styrdes då av tre personer, Kiyomori, kejsaren Go-Shirakawa och Minamoto no Yoritomo. Därmed har vi situationen med tre personer och därmed två fraktioner.

Kiyomori manövrerade bort kejsaren som gladeligen förväntade sig få mer makt från sin position som ”klosterkejsare”, men Kiyomori passade samtidigt på att avskaffa systemet med klosterkejsare. När Kiyomori placerade sin treårige sonson Antoku på Krysantemumtronen insåg Go-Shirakawa att han blivit dragen vid näsan, han vände sig omedelbart till Minamoto och bad om hjälp att bli återinstallerad. Detta lät sig dock inte göras i en handvändning då Kiyomori var i besittning av de tre objekt som enligt sägnen utgör beviset på kejsarens ställning. Minamoto var således tvungen att återta de objekten för att Go-Shirakawa åter skulle betraktas som kejsare.

Striderna vällde fram och tillbaka över den stora Kinki slätten och Minamoto lyckades återta två av de tre objekten, men Kiyomori kom undan med ett av dem. Jakten fortsatte längre och längre västerut. Slutligen befann de sig i Shimonoseki sundet där Taira hade överlägsna flottstyrkor. Lyckligtvis för Minamoto beslöt sig Taguchi Shigeyoshi för att överge Taira och ansluta sig till Minamoto, ett stöd som klanen inte klarat sig utan. Taguchi visste var både Antoku och de sista regalierna låg gömda. Minamoto kunde nu fokusera på Antokus fartyg och Taira förstod att slaget var förlorat, såväl Antoku som de flesta befälhavarna kastade sig med dödsförakt ut i vågorna till en säker död.

Som tack för sin insats utnämnde Go-Shirakwa Minamoto no Yoritomo till shogun. Det var första gången som en shogun kom att hålla den maktpositionen över hela nationen. Tidigare hade de varit geografisk avgränsade. Varje ny shogunklan har sedan dess kommit till makten genom inbördeskrig, och de börjar alltid med att två vänder sig mot den tredje.